汕头市审计局内设7个职能科(室)和一个直属机构：

    （一）办公室（与纪检组、监察室合署）

    负责机关、直属单位的机构编制及人事、工资福利工作；负责全市审计专业技术职务考务工作和培训计划的制订；协助对区、县（市）审计机关领导班子的管理及其负责人的任免；负责处理局机关日常政务、会议、财务、安全保卫、后勤服务等工作；负责局机关的党团工青妇、宣传教育、计划生育和老干部等工作。

    纪检监察室：负责机关纪检监察工作，检查、指导全市审计机关的纪检、行政监察和党风廉政建设工作。

    （二）综合法规科

    负责制订审计监督的地方性法规、制度（专业性规章制度由归口业务科草拟，综合法规科审定），撰写综合性文件资料；组织实施审计普法教育，指导区、县（市）审计机关的法制工作；监督检查我市审计机关审计业务质量，协调指导内部审计工作；负责市本级的审计复核；承办审计听证、审计复议和应诉；负责审计计划、统计信息和机关档案、保密、文电及计算机管理工作；负责市审计学会日常工作。

    （三）财政金融审计科

    负责审计市本级预算执行和预算外资金的管理使用情况，下级政府的预算执行和决算；市级地方金融、证券、信托机构和上级授权审计的金融、保险、证券机构及其所属单位的资产、负债、损益；指导监督有关单位的内部审计工作；组织行业审计和审计调查；指导全市审计机关的财政、金融审计业务。

    （四）行政事业审计科

    负责审计市直党、政、司法机关、文、教、科、卫、广电等主管部门及所属单位和社团组织的财务收支或资产、负债、损益，部门经管基（资）金的筹集、管理、使用情况；审计政府采购；指导监督有关单位的内部审计工作；组织行业审计和审计调查；指导全市审计机关的行政事业和社会保障审计业务。

    （五）经贸审计科

    负责审计市直经贸、外经贸、交通等主管部门及所属单位的财务收支，部门经管基（资）金的筹集、管理、使用情况，资产经营公司和授权经营企业集团、国有企业的资产、负债、损益，国有资产占控股地位或主导地位的中外合资、合作、联营、股份制企业中国有资产部分的盈亏情况和保值增值；审计国际金融组织和外国援助、贷款项目执行单位的资金使用情况；主持实施市直中外合资（合作）企业和境外企业的审计工作；指导监督有关单位的内部审计工作；组织行业审计和审计调查；指导全市审计机关的经贸、外资、交通审计业务。

    （六）固定资产投资审计科

    负责审计市级国家建设项目的资金来源、使用情况、经济效益、预概算执行和决算，市直建设、城管、国土房管、环保资源、海洋水产、农林水利等主管部门及所属单位的财务收支或资产、负债、损益，部门经管基（资）金的筹集、管理、使用情况，市属国有房地产开发和施工企业的资产、负债、损益；指导监督有关单位的内部审计工作；组织行业审计和审计调查；指导全市审计机关的固定资产投资和农林水、资源环保审计业务。

    （七）经济责任审计科

    负责市直经济责任审计项目的统筹安排，全市经济责任审计的情况综合；承办市经济责任审计联席会议办公室的日常工作，指导全市经济责任审计工作；组织实施对区、县（市）党政领导干部的经济责任审计，负责实施对区、县（市）审计局长及部分市直单位的经济责任审计；做好经济责任审计工作的调查研究。

    （八）直属分局

    负责对汕头保税区、高新技术开发区行政、企事业单位的审计及其内部审计工作的指导监督；监督检查我市社会审计组织的审计业务质量；组织审计调查；承办市局交办的其他审计事项。